Napriek horúcemu letu sa intenzita prác v agentúre stupňuje. Agentúra prevzala od Ministerstva školstva, vedy výskumu a športu SR celkovo 82 správ vysokých škôl „o odstránení nedostatkov“, ktoré vysoké školy zasielali na ministerstvo. Táto povinnosť im vznikla na základe záverov akreditácií v predchádzajúcom období, ktoré prijala ešte Akreditačná komisia. Agentúra v predmetných správach aktuálne posudzuje odstránenie nedostatkov v 172 študijných programoch a v 22 právach konať habilitačné konanie a konanie na vymenúvanie profesorov. Šesť správ už agentúra posúdila a rozhodla, zvyšné ukončí do konca augusta 2020, teda pred vypršaním platnosti príslušných časovo podmienených akreditácií alebo pozastavených práv vysokých škôl. Agentúra postupuje v zmysle platnej legislatívy podľa nových postupov, teda na každé konanie zostavuje osobitnú pracovnú skupinu z posudzovateľov zapísaných v zozname posudzovateľov, ktorú schvaľuje výkonná rada. Samotné správy o odstránení nedostatkov sú však posudzované podľa pôvodných kritérií platných do 31. októbra 2018, teda ešte v čase uloženia tejto povinnosti Akreditačnou komisiou.
